Halkın Tokugawa rejimine karşı ayaklanmasıyla başlayan savaş dönemi Bakumatsu'nun üzerinden on yıl geçmişti. Devrimciler baskının olmadığı, barışın hüküm sürdüğü gelişen bir ülke yaratmak istemişlerdi. Yeni Meiji çağı başlamış olsa da barış henüz sağlanamamıştı. Kılıç yasak olsa da insanlar hâlâ sokaklarda öldürülüyordu. Savaşta yetim düşenlerin ve gazilerin gidecek hiçbir yeri kalmamışken hükümetin tek amacı ceplerini parayla doldurmaktı. Gezgin bir samuray olan Kenshin Himura, uğruna savaştığı değerlerin yeni çağı getirmek için harcanan hayatlara değip değmediğini anlamak için hâlâ çalışıyor. Bir zamanlar Hitokiri Battousai -bilinen en acımasız devrimci katili- olarak kendisinden korkulurdu. Şimdiyse suçluluk duygusuyla boğuşan Kenshin, aldığı canların bedeli olarak bir daha asla öldürmemeye yemin etmiştir ancak öldürmek geçmişte kalana dek huzuru asla bilemeyebilir. Şimdi, Meiji döneminin 11. yılında, Kenhshin küçük dojosunun kapılarını sonsuza dek kapatılmasıyla tehdit edilen baş eğitmen ve dojo sahibi Kaoru Kamiya'ya rastlar. Polis, ünlü Battousai olduğu iddia edilen bir adamın, dojo adı altında işlediği cinayetleri durdurmakta zorlanmaktadır. Her ikisinin de adını temize çıkarmak için gezilerine bir süreliğine ara veren Kenshin, Kaoru'ya katılır. Yine de geçmişi onu yakalamadan ne kadar orada kalabilir?